奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島

奄美大島、徳之島、沖縄島北部、西表島の4島5地域、42,698haからなる自然遺産である。中新世の後期ごろ、沖縄トラフが開いて陸地がユーラシア大陸から切り離され、小さな島々に閉じこめられた生き物が独自に進化した。日本の世界的な絶滅危惧種の脊椎動物の約36%がここにいる。

アマミノクロウサギは奄美大島と徳之島だけにすむ1属1種のウサギで、イリオモテヤマネコは西表島だけにいる。ヤマネコは1965年に戸川幸夫が見つけ、1967年に今泉吉典が記載した。飛べない鳥ヤンバルクイナは1981年に山階芳麿と真野徹によって新種として記載された。

2017年に推薦書が出されたが、2018年5月にIUCNが登録延期を勧告し、政府は推薦を取り下げた。理由の一つは、返還された米軍北部訓練場の跡地を含めて範囲を考え直すことだった。跡地の一部をやんばる国立公園に編入して区域に加え、2021年7月26日に登録が決まった。